疼痛是肛裂的主要症状。多数病人排便时即感疼痛，排便后有一短暂疼痛减轻的间隙期，随后，出现持续且加剧的疼痛。疼痛的时间长短因肛裂的程度不同而不同，可长达数小时至整日。
其剧烈疼痛的主要原因是由于排粪时肛裂裂口内神经末梢受到刺激，立刻引起肛门内烧痛和刀割样疼痛，从而使得肛门内括约肌痉挛收缩，导致持续性疼痛。然后，随着时间的推移，括约肌渐渐疲乏松弛，疼痛随之减轻，并逐渐消失。这在肛裂疼痛症状中，称之谓“疼痛的一个周期”。
出血：排粪时，损伤创面，可致裂口出血。一般出血不多，粪便上染有血丝，或便后鲜血点滴，手纸带血。
便秘：多因患者恐惧排便时的剧痛，有意推迟排便时间和次数，使粪便在直肠内停留时间延长，水分被完全吸收，大便变得干硬，而此时排便，则会使裂口创伤加重，裂口加深，疼痛加重。如此往复，形成恶性循环。为此许多患者服用缓泻剂，致肛管缺乏正常粪便的扩张，肛管狭窄，并形成药物依赖性顽固性便秘。
肛门瘙痒：由于裂口溃疡面或皮下瘘管的分泌物，或肛门腺体流出的分泌物，刺激肛缘皮肤引起肛门湿疹和肛门搔痒。自觉肛门常潮湿不爽，并可使皮肤伴有表浅裂口或皮损。
全身症状：剧烈的疼痛可加重患者精神负担，并影响休息，引起神经衰弱。有的病人会因恐惧排便，有意减少进食量，久而久之，可引起轻度贫血和营养不良。妇女可出现月经不调，腰、骶部疼痛。肛裂感染期可有发热、肿痛和流脓血等。
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